Bajo bandera negra es la historia de un chaval de buena familia que se ve obligado a huir de casa para salvar la vida. Su tío ordena asesinar a sus padres y trata de matarlo a él también. El joven Nick logra escapar de las garras del traidor de su tío, del sicario de éste, y de una atractiva prima demasiado aficionada a toquetearlo. Se esconderá en un barco a punto de zarpar, convirtiéndose en polizón, siendo aceptado como grumete, y con el paso del tiempo convirtiéndose en capitán de su propio navío.